Giải Nobel Hòa bình là hạng mục gây nhiều tranh cãi nhất trong hệ thống Giải Nobel. Một trong các trường hợp nổi tiếng nhất là việc cố vấn Lê Đức Thọ của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa từ chối nhận giải này vào năm 1973. Ngay chính Quốc hội Na Uy, cơ quan có nhiệm vụ cử ra Ủy ban Giải Nobel cũng từng bị chỉ trích vì đã thông qua việc Na Uy trở thành thành viên của NATO năm 1949, vì đồng ý cho phép quân đội NATO đóng trên đất Na Uy, và chấp nhận cho các tàu ngầm mang tên lửa đạn đạo của Hoa Kỳ neo đậu ở các hải cảng Na Uy năm 1983. Tuy nhiên cần biết rằng Quốc hội Na Uy không được phép can thiệp vào việc lựa chọn cá nhân hoặc tổ chức để trao Giải Nobel Hòa bình, thành viên của Ủy ban Giải Nobel Na Uy không thể đồng thời là nghị sĩ quốc hội, họ thường là các cựu nghị sĩ từ nhiều đảng phái khác nhau, trong đó có cả những đảng phái phản đối việc Na Uy trở thành thành viên NATO.

Nhược điểm lớn nhất của việc xét trao Giải Nobel Hòa bình có lẽ là việc đánh giá tiêu chuẩn của các ứng cử viên. Nếu như ở các giải Nobel khác như Giải Nobel Văn học hay các giải Nobel về khoa học, các ứng cử viên thường chỉ được xét giải sau hai hoặc ba thập kỉ những đóng góp của họ ra đời, thì đóng góp của các ứng cử viên cho Giải Nobel Hòa bình thường chỉ xét ngay trong năm đó hoặc trong khoảng thời gian ngắn xung quanh thời gian xét giải, phụ thuộc vào những diễn biến chính trị của đóng góp. Vì vậy đã có nhiều trường hợp sau khi được trao Giải Nobel Hòa bình, cá nhân hoặc tổ chức nhận giải lại tham gia vào việc phát động các cuộc chiến tranh hoặc chạy đua vũ trang, đi ngược lại với tiêu chí giải thưởng. Đó là trường hợp của Theodore Roosevelt, tổng thống Mỹ, được trao giải năm 1906, sau khi được trao giải đã mở rộng không ngừng lực lượng Hải quân Hoa Kỳ và dùng vũ lực đàn áp đẫm máu các cuộc nổi dậy của người dân Philippines chống lại quân đội chiếm đóng Mỹ. Một trường hợp khác là Shimon Peres, được trao giải năm 1994, lại được coi là một trong những nhân vật "diều hâu" nhất của chính trường Israel[2] và là người ủng hộ tích cực việc sử dụng vũ lực đàn áp người Palestine. Hoặc Barack Obama, tổng thống Mỹ, được trao giải năm 2009, sau khi được trao giải đã phát động nhiều chiến dịch quân sự tấn công các nước Trung Đông.

Ủy ban Giải Nobel Na Uy còn bị chỉ trích vì đã bỏ qua nhiều nhân vật chính trị nổi tiếng đã có những đóng góp lớn cho hòa bình thế giới, đó là Mahatma Gandhi, Steve Biko hay César Chávez. Trong đó trường hợp của lãnh tụ Ấn Độ Gandhi đã gây tranh cãi không chỉ trong dư luận mà còn trong chính nội bộ Ủy ban[3]. Mặc dù đã được đề cử rất nhiều lần vào các năm 1937, 1938, 1939, 1947 và chỉ vài tháng trước khi ông bị ám sát năm 1948, Mahatma Gandhi đã không bao giờ được trao giải. Ủy ban Giải Nobel sau này đã rất lấy làm tiếc vì sự bỏ qua này, và khi Đăng-châu Gia-mục-thố được trao Giải Nobel Hòa bình năm 1989, chủ tịch Ủy ban đã nói rằng một trong những lý do trao giải cho vị Đạt-lại Lạt-ma là để tưởng nhớ tới Mahatma Gandhi[4].